Deuteromycota, eşeyli evresi bilinmeyen veya gözlenmemiş mantarları bir araya getirmek için kullanılmış tarihî bir sınıflandırma adıdır. “Mükemmel olmayan mantarlar” ifadesi de bu eski kullanımla ilişkilidir; organizmaların eksik, gelişmemiş veya biyolojik olarak kusurlu olduğu anlamına gelmez. Günümüzde bu ad, tek bir ortak atayı ve onun bütün soyunu temsil eden doğal bir mantar filumu olarak kullanılmamalıdır. Eski bir metinde karşılaşıldığında, dönemin gözlem ve adlandırma sistemi içinde okunmalıdır.
Deuteromycota neden tarihî bir gruplamadır?
Mantarların farklı yaşam evreleri aynı görünüşte olmayabilir. Eşeyli yapıları bilinen bir mantarla yalnız eşeysiz yapıları gözlenen bir mantarı ilişkilendirmek, DNA verisinin yaygın olmadığı dönemde güç olabiliyordu. Bu durum, aynı organizmanın farklı evrelerinin ayrı adlarla anlatıldığı sistemlere yol açtı. Eski sınıflandırma, çoğu zaman gözlenebilen yapıya dayanıyordu; evrimsel akrabalığın tamamını doğrudan göstermiyordu.
Taylor'ın 2011 tarihli makalesi, moleküler çalışmaların eşeyli ve eşeysiz görünümler üzerinden yürüyen ayrı sistemleri neden birleştirebildiğini tartışır. DNA karşılaştırması, benzer görünümlerin ötesine geçerek akrabalık ilişkilerini araştırmaya imkân verdi. Ancak bu tarihî makaledeki bütün adlandırma önerilerini bugün yürürlükte olan kural metni gibi okumamak gerekir. Taylor'ın adlandırma ve DNA makalesi
Bu nedenle Deuteromycota'yı, Ascomycota rehberindeki filum kavramıyla aynı düzeyde güncel bir kutu gibi düşünmek yanıltır. Tarihî gruplamanın hangi nedenle kurulduğu ile bir türün bugün hangi soy içinde değerlendirildiği farklı sorulardır. Aynı eski başlık altında anılan iki mantarın, birbirinin en yakın akrabası olduğu varsayılamaz.
Anamorf, teleomorf ve holomorf ne demek?
Anamorf, mantarın eşeysiz biçimini; teleomorf, eşeyli biçimini anlatan terimdir. Holomorf ise organizmayı bu biçimleriyle birlikte ele alır. Bunlar birer gözlem ve yaşam döngüsü kavramıdır. “Anamorf görüldü” cümlesi, o mantarın doğada hiçbir zaman eşeyli süreç geçirmediğini kanıtlamaz. Aynı şekilde bir biçimin henüz belgelenmemiş olması, onun varlığını tek başına kanıtlamaz.
Konidyum, eşeysiz spor yapıları bağlamında kullanılan bir terimdir. Konidyumun biçimi veya oluştuğu yapı, sınıflandırmada bilgi sağlayabilir. Fakat tek bir spor biçiminden bütün yaşam döngüsüne ve evrimsel yerleşime atlamak doğru olmaz. “Konidyum oluşturuyor” ile “yalnız konidyumla ürer” ifadeleri farklı kesinlik düzeyleri taşır. Eski bir gözlem kaydı, gözlenmeyen bütün olasılıkları dışlayan bir deney değildir.
Bir metni okurken kullanılan fiile dikkat etmek bu farkı görünür kılar: “Gözlenmedi”, “bilinmiyor” ve “yoktur” aynı anlama gelmez. İlk iki ifade bilginin veya gözlemin sınırını anlatır. Sonuncusu ise çok daha güçlü bir biyolojik iddiadır. Tarihî bir sınıflandırma etiketini, bütün üyeler için değişmez üreme yasasına dönüştürmemek gerekir.
Tek mantar, tek ad yaklaşımı neyi değiştirdi?
“Tek mantar, tek ad” yaklaşımı, aynı mantarın farklı yaşam biçimlerine dayanılarak ayrı adlandırılmasından doğan karışıklığı azaltmayı amaçlar. Bir türün eşeyli ve eşeysiz biçimi biliniyorsa, bunları otomatik olarak iki ayrı organizma gibi ele almak yerine aynı biyolojik kapsam içinde değerlendirmek gerekir. Bu yaklaşım, tür sınırlarının hiçbir zaman değişmeyeceği anlamına gelmez.
2011 Amsterdam Bildirisi, tek ad sistemine düzenli geçiş ihtiyacını ele alan tarihî bir belgedir. Bildirinin yanında çevresel diziler ve adlandırmanın yönetimi üzerine tartışmalar da bulunur; bunların tümü bildirinin kabul edilmiş maddeleri değildir. Dolayısıyla kaynak, değişimin gerekçesini anlamak için kullanılır. Bir adın bugün kabul edilip edilmediğine ilişkin karar, yalnız bu toplantı metninden çıkarılamaz. Amsterdam Bildirisi
Adlandırma ile sınıflandırma arasındaki fark da önemlidir. Adlandırma, hangi adın kullanılacağıyla; sınıflandırma, organizmalar arasındaki ilişkilerin nasıl düzenleneceğiyle ilgilenir. Bir araştırma yeni bir akrabalık ilişkisi gösterdiğinde ad değişikliği gündeme gelebilir. Fakat her yeni DNA sonucu, kendiliğinden yayımlanmış ve kabul edilmiş yeni bir ad oluşturmaz. Araştırmanın sonucu ile adlandırma işlemi ayrı ayrı izlenir.
Eski ve yeni kavramları karşılaştırma tablosu
| Terim veya ifade | Nasıl okunmalı? | Hangi yorumdan kaçınılmalı? |
|---|---|---|
| Deuteromycota | Eşeyli evre bilgisiyle ilişkili tarihî gruplama | Güncel ve tek soylu bir filum saymak |
| Mükemmel olmayan mantar | Eski adlandırma dilinin bir ifadesi | Mantarın biyolojik olarak kusurlu olduğunu düşünmek |
| Anamorf | Eşeysiz biçim veya evre | Organizmada eşeyli süreç bulunmadığını kesinleştirmek |
| Teleomorf | Eşeyli biçim veya evre | Aynı organizmanın eşeysiz biçimini ayrı tür kabul etmek |
| Tek mantar, tek ad | Farklı biçimler için ayrı adlandırmayı azaltan yaklaşım | Bütün eski adların aynı cins adına çevrildiğini varsaymak |
Tabloyu eski bir makaleyi okurken terim anahtarı olarak kullanabilirsiniz. Önce metnin tarihine, sonra kullanılan adın hangi biçimi anlattığına bakın. Ardından daha yeni bir revizyonun aynı örnek veya tür grubunu ele alıp almadığını araştırın. Yalnız bir kelimeyi güncel bir kelimeyle değiştirmek, çalışmanın bütün sonuçlarını otomatik olarak güncellemez.
Penicillium ve Talaromyces örneği neden öğretici?
2011 tarihli bir taksonomi araştırması, o dönemde Penicillium altcinsi Biverticillium içinde değerlendirilen kabul edilmiş türlerin Talaromyces ile ilişkisini inceledi. DNA, morfoloji ve diğer karakterlerden elde edilen kanıtları birleştirerek bu kapsam için yeni kombinasyonlar önerdi. Bu sonuç, bütün Penicillium türlerinin Talaromyces olarak yeniden adlandırıldığı anlamına gelmez. Çalışmanın kapsamı belirli bir gruptur. Talaromyces ve Biverticillium araştırması
Bu örnek, iki farklı değişimi ayırmayı sağlar. Bir mantarın farklı yaşam biçimlerine verilen adların birleştirilmesi başka, bir cinsin sınırlarının akrabalık verileriyle yeniden çizilmesi başkadır. Gerçek bir revizyonda bu konular birlikte ele alınabilir. Okur için en güvenilir yol, çalışmanın hangi türleri dahil ettiğini ve hangilerini dışarıda bıraktığını kontrol etmektir.
2014 tarihli Penicillium tanımlama ve adlandırma çalışması da tek ad yaklaşımıyla yeniden değerlendirilen cins kapsamını açıklar. Ayrıca ITS bölgesinin bazı yakın türleri ayırmakta yetersiz kalabileceğini ve ek moleküler belirteçlere ihtiyaç duyulabildiğini belirtir. Makaledeki kabul edilmiş tür listesi, yayımlandığı tarihin değerlendirmesidir; bugünkü dünya tür toplamı olarak aktarılmamalıdır. Penicillium tanımlama araştırması
Bir DNA eşleşmesinin yorumunda karşılaştırılan kaydın doğru adlandırılmış olması da önemlidir. Referans örneği belirsiz bir kayıtla yüksek benzerlik görmek, tek başına sağlam bir tür kararı oluşturmaz. Morfoloji, referans suş ve birden fazla kanıtın birlikte kullanılması, yalnız renk veya tek bir dizi üzerinden yapılan yorumdan farklıdır. Bu ayrım laboratuvar protokolü vermeden de tanımlama haberlerini daha doğru okumayı sağlar.
“Eşeyli evre bilinmiyor” bilgisi nasıl değişebilir?
2013 tarihli bir araştırma, makalede Penicillium chrysogenum adıyla ele alınan belirli suşlarda eşeyli döngü ve genetik rekombinasyon kanıtı sundu. Yazarlar aynı zamanda bu adın geniş tarihî kullanımı ile P. rubens ayrımını da açıklar. Buradaki örnek, bilinmeyen bir evrenin araştırmayla belgelenebileceğini gösterir; bütün tarihî Deuteromycota üyelerinin aynı döngüye sahip olduğunu kanıtlamaz. Eşeyli döngü araştırması
Belirli suşlarla elde edilen sonuç, aynı adı taşıyan her örnekte aynı koşullarda görülmüş sayılmaz. Tür adı, suş kimliği ve deneyin kapsamı birlikte okunmalıdır. Bu nedenle eski bir ders notundaki “eşeysiz mantar” ifadesini değerlendirirken, bunun dönemin bilgisi mi yoksa sınanmış bir üreme özelliği mi olduğunu ayırmak yararlıdır.
Eski bir Deuteromycota kaydını okurken nelere bakılır?
Kaynağın tarihini, tam bilimsel adı ve varsa örnek ya da suş numarasını birlikte not edin. Sonraki bir ad değişikliğini araştırırken yalnız ortak ada dayanmayın. Aynı cinsin bütün üyelerini tek bir habitat, mevsim veya işlev altında toplamayın: Tarihî bir sınıflandırma etiketi, tek başına böyle bir ekolojik genellemeyi desteklemez.
Filum kavramını karşılaştırmak için Basidiomycota rehberine, belirli bir örneğin tarihini izlemek için Penicillium chrysogenum yazısına geçebilirsiniz. Bu sayfaların her biri farklı bir bilimsel kapsamı ele alır. Deuteromycota başlığı, bu farklı kapsamların yerine geçen güncel bir tür listesi olarak kullanılmamalıdır.
Kapak, yapay zekâ ile oluşturulmuş temsili bir laboratuvar sahnesidir. Koloni ayrıntıları ölçekli mikroskop kaydı veya doğrulanmış tür görüntüsü değildir. Metin, tarihî sınıflandırmayı ve adların yorumlanmasını açıklar; klinik değerlendirme ya da mantar üretim protokolü sunmaz.
